Le Secrétariat du Processus de Rabat facilite le dialogue et soutient les pays partenaires en menant des activités de renforcement des capacités. Il s'agit d'une entité axée sur la demande, accompagnant et répondant aux besoins des Points Focaux Nationaux, du Comité de Pilotage et de son Président. Le Secrétariat est actuellement financé par l'Union européenne et mis en œuvre par le Centre International pour le Développement des Politiques Migratoires (ICMPD) dans le cadre du projet « Soutien au Dialogue Afrique-UE sur la Migration et la Mobilité (MMD) ».